Исторически селькупы представляют собой множество отдельных групп, каждая из которых имеет свои диалект и особенности хозяйствования. по языковому признаку разделяются группы чумылькуп, шёшкуп, сюссыкум и др., В зависимости от места проживания и преобладания охоты или рыбалки возникло разделение на лесных жителей (маджилкуп), обитавших на обских протоках, и обских - колтакуп.
Значительное влияние на этническое и культурное развитие селькупов оказало освоение Нарымского и Томского Приобья русскими. Сибирские племена всегда поддерживали контакты с народами запада и востока, в основном, с торговыми целями. В XI веке первыми из русских, кто вступил в контакт с населением Сибири, были новгородские купцы. В XII веке новгородцам платили дань жители Югры (в русских источниках XI в. так называлась территория крайнего северо-востока Европы. До XVII в. термин "югра" применялся к населению Западной Сибири). Постепенно купцы, землепроходцы, служилые люди, преследуя свои интересы, все дальше проникали на территорию Сибири. В правление Ивана Грозного начинает проводится государственная политика по присоединению Сибири к России. За Урал снаряжались и отправлялись вооруженные отряды с целью изучения территории и населения Сибири. Поход Ермака (1581-1585) принес победу над Сибирским ханством во главе с ханом Кучумом и открыл путь в Восточную Сибирь. Однако в Западной Сибири русские утвердились лишь при Борисе Годунове. Для закрепления новой территории в составе России проводилась политика возведения городов-крепостей. В 1596 году русские основали на территории расселения южных селькупов острог Нарым.
В Среднем Приобье русские переселенцы встретили крупное объединение - Пегую орду, во главе которого стоял князец Воня. Под его предводительством было около 400 человек войска, состоявшего из местных жителей. На требование о выплате ясака и присоединении к российскому государству предводитель Пегой орды ответил отказом. В 1598 году русское войско в составе 550 служилых людей сумело разгромить Воню и укрепить свои позиции на этой территории. После исчезновения серьезной опасности начинается расселение пришлых людей на территории Нарымского края.